DIAGNOSIS CENDAWAN PENYEBAB PENYAKIT TANAMAN

Jamur (fungi) merupakan suatu bagain dari Thallophyta, yang karakteristiknya berhubungan dengan tidak adanya klorofil sama sekali, sehingga tak bisa untuk melakukan asimilasi. Bagian tubuhnya yang bersifat vegetatif terdiri atas benang-benang yang halus dan dinamakan hifa. Hifa-hifa ini merupakan miselium dimana ada yang berserabut ada yang tidak. Lebih dari 8000 spesies jamur dapat menyebabkan penyakit pada tunbuhan. Semua tumbuhan diserang oleh beberapa jenis jamur, dan setiap jenis jamur parasit dapat menyerang satu atau banyak jenis tumbuhan. Beberapa jenis jamur dapat tumbuh dan memperbanyak diri hanya apabila tetap berhubungan dengan tumbuhan inangnya selama hidupnya, jamur yang demkian dikenal dengan parasit obligat atau biotrof. Jenis lain membutuhkan tumbuhan inang untuk sebagian daur hidupnya tetapi tetap dapat menyelesaikan daurnya pada bahan organik mati maupun pada tumbuhan hidup, jamur yang demikian disebut parasit non-obligat.

Karakteristik Jamur Patogenik Tumbuhan

Sebagian besar jamur mempunyai tubuh vegetatif seperti tumbuhan yang lebih kurang terdiri dari filamen (benang) memanjang, bersambungan, bercabang, mikroskopis, mempunyai dinding sel yang jelas. Tubuh jamur disebut miselium, dan cabang-cabang tunggal atau filamen dari miselium disebut hifa, umumnya tebal hifa atau miselium seragam. Beberapa jamur hifanya hanya 0,5 μm, sedangkan jamur yang lain tebalnya dapat lebih dari 100μm. Panjang miselium pada beberapa jenis jamur mungkin hanya beberapa mikrometer, tetapi ada jenis lain yang dapat menghasilkan benang miselium sepanjang beberapa meter. Pada beberapa jamur, miselium terdiri atas banyak sel yang mengandung satu atau dua inti per sel (celluler). Miselium yang lain bbersifat saenositik (caenocytic) yaitu mengandung banyak inti dan keseluruhan miselium berupa satu sel multi inti yang bersambungan, tubular (seperti pipa). Beberapa jamur yang lebih rendah tidak mempunyai miselium yang sesungguhnya dan menghasilkan plasmodium yang telanjang, amoeboid, berinti banyak atau sistem helaian yang sangat tidak seragam dengan diameter sangat bergam yang disebut rizomiselium.

Ekologi dan Penyebaran Cendawan
Hampir semua jamur patogen tumbuhan menghabiskan sebagian hidupnya pada tumbuhan inangnya dan sebagian di dalam tanah atau sisa tumbuhan di dalam tanah. Beberapa jamur melewati seluruh hidupnya pada inangnya, dan mungkin hanya spora yang mendarat di tanah, tetapi spora tersebut tidak aktif sampai terbawa kembali ke inang tempat mereka dapat tumbuh dan memperbanyak diri.Untuk menyelesaikan daur hidupnya di alam, jenis jamur lain harus melewati sebagian hidupnya pada inang sebagai parasit dan sebagian pada jaringan yang telah mati di tanah sebagai saprofit. Akan tetapi kelompok jamur yang terakhir ini tetap secara terus-menerus berhubungan dengan jaringan inangnya, baik jaringan hidup atau yang mati, dan secara alami tidak tumbuh pada jenis bahan organik lain. Jamur kelompok ketiga tumbuh secara parasit pada inangnya, tetapi jamur tersebut dapat terus hidup, tumbuh dan memperbanyak diri pada jaringan inang setelah jaringan tersebut mati dan selanjutnya mungkin pindah dari sisa-sisa inang tersebut ke tanah atau bahan tumbuhan lain yang melapuk dimana mereka dapat tumbuh dan memperbanyak diri sebagai saprofit biasa.

Penyebaran sebagian besar jamur patogenik tumbuhan dari suatu tumbuhan yang sama bergantung pada kesempatan penyebaran oleh agensia-agensia seperti angin, air, burung, serangga, hewan lain serta manusia. Jamur terutama disebarkan dalam bentuk spora, penyebaran spora pada hampir semua jamur berlangsung secara pasif, walaupun awal pelepasannya pada beberapa jenis jamur dibantu oleh tekanan. Jauhnya spora tersebar bervariasi yang tergantung pada agensia penyebarannya. Angin mungkin agensia penyebaran spora yang paling penting dari sebagian besar jenis jamur, serta angin dapat membawa spora dengan jarak yang jauh. Untuk jamur tertentu, agensia lain seperti air atau serangga mungkin memainkan peranan penting yang jauh lebih penting dibanding dengan angin dalam penyebaran sporanya.

Identifikasi Cendawan Penyebab Penyakit
Karena setiap jenis tumbuahn yang disebabkan jamur biasanya hanya disebabkan oleh satu jenis jamur, dan karena ada lebih dari 100.000 spesies yang berbeda, maka identifikasi jamur pada spesimen tumbuhan sakit atau dari biakan jamur dari semua jenis jamur yang ada harus dengan jalan memisahkan salah satu diantaranya sebagai spesies jamur yang dicurigai. Sifat-sifat jamur yang sangat penting yang digunakan untuk identifikasi adalah spora dan fruktifikasi (tubuh buah) atau struktur yang menghasilkan spora dan beberapa sifat tubuh jamur (plasmodium atau miselium). Bentuk, ukuran, warna dan pola susunan spora pada sporofor atau tubuh buah dan juga bentuk dan warna sporofor atau badan buah merupakan sifat-sifat yang telah mencukupi untuk diamati bagi seseorang yang telah cukup berpengalaman dalam taksonomi jamur untuk menentukan nama kelas, ordo, famili, dan genus jamur tersebut harus dimasukkan. Pada kasus yang lain, sifat-sifat tersebut dapat digunakan untuk menjajaki jamur tersebut melalui kunci analisis jamur yang telah dipublikasikan untuk menentukan genus, dan akhirnya termasuk spesies jamur tersebut.

Gejala yang Disebabkan Jamur pada Tumbuhan Jamur menyebabkan gejala lokal atau gejala sistemik pada inangnya, dan gejala tersebut mungkin terjadi secara terpisah pada inang-inang yang berbeda, secara bersamaan pada inang yang sama atau yang satu mengikuti yang lain pada inang yang sama. Umumnya jamur menyebabkan nekrosis lokal atau nekrosis umum atau membunuh jaringan tumbuhan, hipotropfi, dan hipoplasia (kerdil) organ-organ tumbuhan atau keseluruhan tumbuhan, dan hiperplasia (pertumbuhan kerdil) bagian-bagain atau keseluruhan tumbuhan.

a. Gejala nekrosis yang sangat umum adalah sebagai berikut :
- Bercak daun (leaf spot) yaitu : luka atau noda yang bersifat lokal pada daun inang yang terdiri atas sel-sel yang mati dan kalopsi.

- Hawar (Blight) yaitu : organ daun, cabang, ranting dan bunga menjadi coklat
dengan sangat cepat dan menyeluruh yang menyebabkan kematian.
- Kanker yaitu : luka nekrosis atau luka yang terlokalisasi, sering mencekung pada permukaan batang jaringan tumbuhan berkayu.
- Mati ujung (dieback) yaitu : nekrosis ranting secara ekstensif yang berawal dari ujung dan berkembang menuju pangkalnya.
- Busuk akar yaitu : hancur dan membusuknya sebagain atau seluruh sistem parakaran tumbuhan.
- Rebah kecambah atau patah rebah (damping off) yaitu : kalopsi dan mati dengan cepat kecambah yang nasih sangat muda pada pembibitan di lapangan.
- Busuk batang bawah yaitu : hancurnya batang bagian bawah.
- Busuk basah dan busuk kering yaitu : terjadinya maserasi (pembusukan) dan hancurnya buah, akar, umbi, umbi lapis dan daun yang berdaging.
- Antraknosa yaitu : luka nekrosis yang lekuk seperti mangkuk pada batang, daun, buah atau bunga tumbuhan inang.
- Kudis yaitu : luka yang teralokasi pada buah, daun dan umbi dan lain-lain, biasanya sedikit menonjol dan puncaknya mencekung dan pecah, yang memberi bentuk seperti kudis.
- Decline yaitu : tumbuhan yang tumbuh lurus, daun mengecil, kaku, menguning atau merah, ada yang terdefolasi (menggugurkan daun) dan mati ujung (dieback).

Hampir semua gejala di atas mungkin dapat menyebabkan tumbuhan yang terinfeksi menjadi sangat kerdil. Di samping itu, gejala yang lain seperti karat daun, embun (mildew), layu dan bahkan penyakit tertentu menyebabkan hiperplasia pada beberapa organ tumbuhan, seperti akar pekuk (clubroot) mungkin menyebabkan kekerdilan tumbuhan secara menyeluruh.

b. Gejala-gejala yang berhubungan dengan hipertopi atai hiperplasia dan perubahan bentuk atau pemutaran (distorsi) bagian tumbuhan meliputi :
- Akar pekuk yaitu : akar membesar terlihat seperti kumparan atau gada.
- Bengkak atau puru yaitu : bagian tumbuhan membesar dan biasanya dipenuhi oleh miselium jamur.
- Kutil yaitu : tonjolan seperti kutil pada umbi dan batang.
- Witches-broom (sapu setan) yaitu : cabang-cabang ranting yang mengarah ke atas dengan sangat banyak.
- Keriting daun yaitu : daun berubah bentuk, menebal dan keriting.
- Layu yaitu : gejala sekunder yang menyeluruh dimana daun atau tunas kehilangan turgor dan merunduk karena terganggunya sistem vaskular akar dan batang.
- Karat yaitu : terdapat banyak luka-luka kecil pada daun atau batang, biasanya berwarna seperti karat.
- Mildew (embun) yaitu : bagian daun, batang dan buah yang klorosis atau nekrosis, biasanya ditutupi oleh miselium dan fruktifikasi jamur.
 

Parasit-parasit tanaman terutama jamur, menghasilkan bermacam-macam senyawa kinia yang dapat menghasilkan gejala pebnyakit-penyakit tanaman meskipun tidak ada organisme penyebab penyakit. Salah satu contohnya adalah asam fusarat yang dihasilkan oleh Fusarium spp. Asam fusarat atau asam 5- nbutilpiridin-2-karboksilat merupakan racun yang larut dalam air yang sekaligus juga merupakan antibiotik. Toksin ini mengganggu permeabilitas membran dan akhirnya mempengaruhi ekonomi air tanaman. Adanya hambatan pergerakan air dalam tubuh tanaman menyebabkan terjadinya layu patologis yang tidak bisa balik yang berakibat kematian tanaman seperti kasus-kasus penyakit layu pada kapas dan tomat yang disebabkan oleh Fusarium spp. Salah satu penyakit yang disebabkan oleh jamur busuk daun yang disebabkan oleh Phytophthora infestans (Mont) busuk daun kentang (lite blight) yang sering juga disebut sebagai hawar daun adalah penyakit yang terpenting pada tanaman kentang. Adapun gejala dari penyakit ini adalah daun-daun yang sakit mempunyai bercakbercak nekrotis pada tepi dan ujungnya. Kalau suhu tidak terlalu rendah dan kelembaban cukup tinggi, bercak-bercak tadi akan meluas dengan cepat dan mematikan daun. Bahkan kalau cuaca seperti ini berlangsung lama, seluruh tanaman di atas tanah akan mati. Dalam cuaca yang kering jumlah bercak terbatas, segera mengering dan tidak meluas. Umumnya gejala baru tampak bila tanaman berumur lebih dari satu bulan. Dalam cuaca yang lembab pada sisi bawah bagian daun yang sakit terdapat lapisan kelabu tipis yang terdiri dari konidiofor dan konidium jamur.
 

Daur penyakit ini adalah dapat berlangsung dari musim ke musim dalam umbi-umbi yang sakit. Kalau umbi yang sakit ditanam, jamur dapat naik ke tunas muda yang baru saja tumbuh dan membentuk banyak konidium atau sporangium. Jamur juga dapat mempertahankan diri pada tanaman-tanaman lain seperti pada tomat. Tetapi sudah diketahui bahwa Phytophthora infestans dari kentang dan tomat agak berbeda virulensinya.

Faktor-faktor yang mempengaruhi penyakit adalah pada perkecambahan konidium Phytophthora infestans sangat dipengaruhi oleh kelembaban dan suhu. Pada udara kering konidium sudah mati dalam waktu 1 – 2 jam, sedang pada kelembaban 50 – 80% dalam waktu 3 – 6 jam. Pada suhu 10 – 25 OC kalau ada air, konidium membentuk spora kembara dalam waktu ½ - 2 jam, dan spora kembara ini akan menbentuk pembuluh kecambah dalam waktu 2 – 2½ jam. Perkembangan bercak pada daun paling cepat terjadi pada suhu 18 – 20 derajat celcius. Pada suhu 30 derajat celcius perkembangan bercak akan terhambat. Oleh karena itu pada kentang dataran rendah (kurang dari 500 m dari permukaan laut) Phytophthora infestans tidak merupakan masalah.

DIAGNOSIS BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT TANAMAN

DIAGNOSIS BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT TANAMAN

Diagnosis secara umum adalah kepastian suatu penyakit berdasarkan gejala yang tampak, atau  suatu proses untuk mengidentifikasi suatu penyakit tanaman melalui gejala dan tanda penyakit yang khas termasuk faktor-faktor lain yang berhubungan dengan proses penyakit. Diagnosis penyakit yang benar diperlukan untuk merekomendasikan cara pengendalian yang tepat dan juga diperlukan dalam suatu survei penyakit tanaman. Dalam hal ini diagnosis dilakukan untuk mengidentifikasi bakteri, cendawan, virus ataupun  organisme antagonis dan produk metabolitnya. Diagnosis penyakit tanaman berdasarkan gejala saja belum memadai atau tidak cukup.  Hal ini karena untuk  mengidentifikasi suatu penyakit disebabkan banyak organisme  yang berbeda dapat menunjukkan  gejala yang sama pada inang yang diinfeksinya.  Dalam hal ini perlu diperhatikan kemungkinan kemungkinan adanya organisme  sekunder atau saprofit yang turut serta menginfeksi bagian tanaman.

Untuk mendiagnosis penyakit tumbuhan pertama kali perlu ditentukan  apakah penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri,jamur, virus atau lainnya atau faktor lingkungannya. Dalam beberapa kasus apabila terdapat gejala penyakit atau terdapat tanda i yang khas, maka cukup mudah bagi mereka yang telah berpengalaman untuk menentukan penyebabnya dengan membandingkan gejala yang ada dengan yang terdapat dalam berbagai buku pedoman, CD – compendium dan lainlain.  Akan tetapi pada banyak kasus pengujian yang lebih lengkap terhadap gejala dan mengamati tentang ciri-ciri lainnya sangat penting untuk mendapatkan hasil diagnosis yang tepat.

Diagnosis penyakit tanaman dan identifikasi  penyebab penyakit pada tanaman yang mempunyai nilai ekonomis yang tinggi maka diagnosis yang lebih akurat sangat diperlukan. Hal ini dapat dicapai melalui prosedur isolasi dan seleksi patogen dan jika perlu dilakukan konfirmasi pengujian pada tanaman inang yang sesuai.

Tahapan dalam diagnosis penyakit tanaman, antar lain adalah adalah :
a. Amati gejala yaitu segala kelainan bentuk atau kelainan sifat tanaman.
b. Pilih bagian tanaman sakit yang memperlihatkan gejala yang belum lanjut (belum  rusak atau busuk keseluruhan) atau terlalu awal. Gejala yang terlalu lanjut  biasanya sudah ditumbuhi cendawan serta bakteri saprofit yang sering kali mengganggu pertumbuhan. Gejala yang terlalu awal juga menyulitkan diagnosa
karena  sukar memperoleh tanda penyakit.
c. Bersamaan dengan melihat gejala ini perlu pula dilihat tanda penyakit untuk memperkuat hasil pemeriksaan gejala.
d. Gejala dan tanda penyakit yang belum dikenal atau diragukan identifikasinya yang nampaknya penyebab penyakit tersebut belum pernah dilaporkan sebelumnya  (penyakit baru) maka harus dilakukan serangkaian pengujian untuk membuktikan  hipotesa bahwa mikrorganisme yang diisolasi adalah penyebab penyakitnya melalui postulat Koch.
e. Gejala yang disertai tanda keberadaan penyebab penyakit dapat dilakukan  identifikasi lebih lanjut di laboratorium.

Identifikasi Bakteri Penyebab Penyakit
Beberapa bakteri penyakit tanaman berada pada permukaan tanaman atau di dalam tanaman (sebagian besar bakteri). Keberadaan bakteri dipermukaan atau di dalam tanaman menunjukkan bahwa bakteri bakteri tersebut merupakan penyebab utama penyakit. Pada beberapa kasus, seseorang dengan keahlian tertentu dapat melakukan deteksi dan identifikasi langsung secara visual atau dengan bantuan kaca pembesar. Seringkali identifikasi hanya dapat dilakukan dengan bantuan mikroskop. Tidak semua bakteri tampak pada permukaan tanaman sakit, beberapa lain tampak hanya dari gejala yang ditimbulkan, khususnya untuk bakteri yang berada di dalam tanaman. Sebagian besar bakteri berada pada jaringan yang terinfeksi, antara lain pada jaringan vascular, jaringan bawah tanaman, dan atau didalam perakaran. Pada saat bakteri berada pada jaringan tanaman sakit, ada dua kemungkinan yang terjadi yaitu : (1) Bakteri tersebut adalah patogen penyebab utama penyakit pada tanaman tersebut, atau (2) Bakteri tersebut merupakan salah satu bakteri saprofitik atau bakteri yang dapat tumbuh pada jaringan yang telah mati.

Diagnosis penyakit bakteri dan identifikasi bakteri penyebab enyakit didasarkan pada gejala awal penyakit yang tampak pada tanaman terinfeksi, jumlah populasi bakteri pada area terinfeksi, dan ketidakberadaan patogen penyebab lainnya. Bakteri adalah mikroorganisme berukuran kecil namun dapat terlihat dengan mikroskop kompon seperti bentuk batang-batang kecil. Identifikasi bakteri sulit dilakukan jika hanya berdasarkan karekter morfologisnya.

Isolasi bakteri pada media agar memerlukan kehati-hatian yang tinggi sehingga terhindar dari kontaminasi bakteri saprofit. Saat ini, telah dikembangkan beberapa media selektif yang sesuai untuk hampir semua bakteri patogen tanaman. Media ini tentu tidak sesuai untuk bakteri saprofit, sehingga dapat dipastikan bahwa pada media selektif bebas dari pertumbuhan bakteri saprofit. Hal ini akan memudahkan proses identifikasi hingga tingkat genus dan spesies. Cara termudah dan terpercaya untuk membuktikan bahwa bakteri tersebut adalah patogen penyebab adalah melalui isolasi koloni tunggal dan menumbuhkan bakteri pada media, untuk selanjutnya diinokulasi kembali pada tanaman inang yang peka. Gejala yang dihasilkan dari inokulasi tersebut dibandingkan dengan gejala yang disebabkan oleh spesies bakteri yang telah diketahui sebelumnya.

Perkembangan metode identifikasi patogen tanaman saat ini telah mengalami perubahan sejak akhir abad ke-20. Tahun 1970, teknik immunodiagnostic, termasuk teknik agglutinasi dan presipitasi,pewarnaan flouresen dengan antibody, teknik ELISA, mulai digunakan untuk deteksi dan identifikasi bakteri patogen tanaman. Beberapa teknik tersebut lebih sensitiF, lebih spesifik, cepat, dan mudah, dan merupakan metode yang telah distandardisasi. Hingga kini secara komersial telah tersedia antisera sebagai bahan identifikasi bakteri patogen tanaman. Identifikasi lain yang juga berkembang adalah berdasarkan asam nukleat, dengan membandingkan jumlah DNA yang dihasilkan oleh enzim restriksi tertentu, atau derajat (persentasi) DNA yang terhibridisasi dari bakteri yang belum diketahui dengan DNA dari bakteri yang telah diketahui. Beberapa teknik molekuler tersebut saat ini digunakan untuk identifikasi bakteri patogen yang vastidious pada
vascular.

diagnosis virus

Virus adalah partikel infeksi submicroscopic (virion) terdiri dari mantel protein dan inti asam nukleat. Virus membawa informasi genetik yang dikodekan dalam asam nukleat mereka, yang dicirikan dengan dua atau lebih protein. Kebanyakan virus terbatas untuk jenis inang tertentu. Beberapa menginfeksi bakteri, dan dikenal sebagai bakteriofag, sedangkan yang lain diketahui menginfeksi ganggang, protozoa, jamur (mycoviruses), invertebrata, vertebrata atau tumbuhan vaskular. Namun, beberapa virus yang menular antar tanaman inang melalui serangga (vektor) dan dapat mereplikasi dalam kedua inang dan vektornya.

Teknik yang banyak dan lazim dipakai saat ini adalah teknik PCR. Teknik ini sederhana, praktis dan cepat. Yang penting dalam teknik PCR adalah disain primer untuk amplifikasi DNA, yang memerlukan data sekuen dari genomagent yang bersangkutan dan software seperti yang telah diuraikan di atas. Disinilah Bioinformatika memainkan peranannya. Untukagent yang mempunyai genom RNA, harus dilakukan reverse transcription (proses sintesa DNA dari RNA) terlebih dahulu dengan menggunakan enzim reverse transcriptase. Setelah DNA diperoleh baru dilakukan PCR. Reverse transcription dan PCR ini bisa dilakukan sekaligus dan biasanya dinamakan RT-PCR. Teknik PCR ini bersifat kualitatif, oleh sebab itu sejak beberapa tahun yang lalu dikembangkan teknik lain, yaitu Real Time PCR yang bersifat kuantitatif. Dari hasil Real Time PCR ini bisa ditentukan kuantitas suatuagent di dalam tubuh seseorang, sehingga bisa dievaluasi tingkat emergensinya. Pada Real Time PCR ini selain primer diperlukanprobe yang harus didisain sesuai dengan sekuenagent yang bersangkutan. Di sini juga diperlukan software atau program Bioinformatika.

Translasi genom (untuk memproduksi protein) atau transkripsi dan replikasi (untuk menghasilkan asam nukleat) berlangsung di dalam sel inang dan menggunakan beberapa dari “mesin” biokimia inangnya. Virus tidak menangkap atau menyimpan energi bebas dan tidak dapat aktif tanpa inangnya. Karena itu virus merupakan parasit (dan biasanya patogen) tetapi biasanya tidak dianggap sebagai mikroorganisme asli.

Virus menyebabkan banyak penyakit pada tanaman dan bertanggung jawab atas kerugian besar dalam produksi tanaman dan kualitas di semua bagian dunia. Tanaman yang terinfeksi dapat menunjukkan berbagai gejala tergantung pada penyakitnya, tetapi sering ada daun menguning (baik dari keseluruhan daun atau dalam pola garis-garis atau bercak), distorsi daun (misalnya daun keriting) dan / atau distorsi pertumbuhan lainnya (misalnya pengerdilan seluruh tanaman, kelainan pada pembentukan bunga atau buah). Infeksi tidak selalu menimbulkan gejala yang terlihat (seperti yang ditunjukkan oleh Carnation laten virus).

Virus-virus tanaman tidak dapat langsung dikendalikan dengan aplikasi kimia. Cara utama pengendalian (tergantung penyakitnya) meliputi:

• Kimia atau pengendalian biologis (organisme yang menularkan penyakit ini, seringnya berupa serangga): ini bisa sangat efektif dimana vektor sedang makan untuk beberapa waktu pada tanaman sebelum virus ditularkan tetapi jadi tidak berarti jika transmisi terjadi sangat cepat dan mungkin sudah terjadi sebelum vektor menyerah pada pestisida.

• Menanam varietas tanaman tahan virus: di beberapa tanaman dan untuk beberapa virus akan sangat efektif sebagai sumber pertahanan dimana pemulia tanaman telah menggunakannya selama bertahun-tahun. Namun, tidak ada perlawanan alamiah yang telah teridentifikasi untuk yang lainnya. Ketahanan transgenik telah cukup menjanjikan untuk banyak tanaman – kombinasi virus, setelah ditemukan bahwa penggabungan bagian dari genom virus ke dalam tanaman inang dapat memberikan tingkat perlawanan yang substansial. Sebagai contoh, penggunaan pendekatan ini di Hawaii untuk mengendalikan virus ringspot Pepaya telah diakui sehingga menyelamatkan industri pepaya lokal. Namun, teknologi ini kontroversial, terutama di Eropa, dan sejauh yang akan digunakan secara komersial saat ini tidak ada kepastian.

• Penggunaan bahan tanam bebas virus: dalam perbanyakan vegetatif tanaman (misalnya kentang, tanaman buah-buahan) dan di mana virus ditularkan melalui usaha benih utama dan dibuat melalui pembiakan, skema sertifikasi dll, untuk memastikan bahwa bahan tanam bebas virus .

• Pengecualian: pencegahan penyakit di daerah-daerah di mana belum terjadi. Ini adalah tujuan utama prosedur karantina tumbuhan di seluruh dunia serta skema lokal.

Kebanyakan virus tanaman karenanya ditularkan oleh organisme vektor yang memakan tanaman atau (dalam beberapa penyakit) melalui luka yang dibuat, misalnya, selama kegiatan budidaya tanaman (misalnya pemangkasan). Sejumlah kecil virus dapat ditularkan melalui serbuk sari ke biji (misalnya virus mosaik Barley stripe, genus Hordeivirus), sedangkan banyak yang menyebabkan akumulasi infeksi sistemik dalam tanaman yang diperbanyak secara vegetatif.

Klinik Tanaman Unsri

Klinik tanaman merupakan suatu tempat dimana fungsi dari klinik tersebut bertujuan untuk memberi pelayanan terhadap masyarakat yang tanaman nya mengalami gangguan-gangguan yang terjadi yang disebabkan oleh hama maupun penyakit yang menyebabkan kerugian terhadap tanaman yang diusahakan. klinik tanaman juga bertujuan untuk membantu masyarakat dalam memecahkan setiap masalah yang berhubungan dengan tanaman yang lagi mereka usahakan, dengan adanya klinik tanaman masyarakat sangat merasa terbantu karena mereka bisa dengan lebih mudah dalam mengatasinya dan juga dan juga dalam soal biaya petani lebih minim dalam pengeluarannya karena pengendalian yang dilakukan tidak akan sia-sia. Klinik tanaman juga merupakan unit kerja di jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan Fakultas Pertanian Universitas Jember yang bertujuan untuk memberi pelayanan kepada masyarakat umum dan atau perusahaan yang berkaitan dengan masalah gangguan tanaman. Klinik tanaman telah banyak memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa analisis sampel tanaman yang terserang hama dan penyakit, memberikan penyuluhan, rekomendasi tentang pengendalian hama penyakit tanaman dan memproduksi agensia hayati yang terbukti mampu mengendalikan berbagai jenis organisme pengganggu.
Kinik tanaman  memiliki fungsi yaitu sebagai pencetus pemecah masalah yang ada pada masyarakat, dengan adanya klinik tanaman masyarakat tertolong, klinik tanaman juga sebagai penyebar teknologi PHT / macam-macam pengendalian,penyakit yang menyerang tanaman pertanian digunakan sebagai bahan penelitian. Klinik tanaman juga disebut sebagai laboratorium yang bertujuan untuk mendiagnosis penyakit tanaman yang dikeluhkan oleh masyarakat. Di klinik tanaman kita bisa menemukan perlengkapan-perlengkapan yang digunakan untuk membawa sampel hama ataupun penyakit, di klinik tanaman ada mahasiswa yang telah siap untuk mendiagnosis penyakit atau hama yang mengganggu.

Beberapa tanaman yang sakit bisa langsung kita sarankan pengendalianya yang tepat terhadap tanaman tersebut asal kan kita tahu dengan jenis penyakit apa yang menyerang dan hama apa yang menyerang dengan melihat gejala-gejala nya yang dengan mudah kita ketahui penyebabnya. Akan tetapi beberapa penyakit lainnya memerlukan beberapa tahapan baik secara makro maupun mikro sehingga memerlukan waktu beberapa hari atau minggu untuk mendapatkan hasil dan rekomendasi pengendalian yang tepat untuk penyakit tersebut. Klinik tanaman melayani permasalahan-permasalahan serangan Organisme Pengganggu Tumbuhan (OPT). Pelayanan ini berupa identifikasi sample tanaman yang terserang OPT. Petani dapat langsung membawa sample tanaman yang terserang ke Klinik Tanaman, kemudian klinik akan mendiagnosa dan memberikan rekomendasi tentang pengendalian permasalahan tersebut. Selain itu klinik tanaman tanaman juga melayani observasi lebih lanjut dengan melihat kondisi tanaman di lapangan. Prosedur pelayanan klinik tanaman sangat mudah. Pertama, petani langsung datang ke Klinik Tanaman Jurusan HPT Fak. Pertanian dengan membawa sample tanaman yang sakit karena serangan OPT. Kedua, Klinik akan mendiagnosa sample yang dibawa dan akan dilakukan identifikasi pada sample untuk mengetahui penyebab tanaman sakit. Ketiga, setelah diketahui penyebab tanaman sakit, klinik akan memberikan rekomendasi tentang teknik-teknik pengendaliannya. Lama pelayanan yang diberikan kepada masyarakat ditentukan jenis sampel yang diberikan dan jenis keluhan dari petani. 
Pada umum nya masyarakat tidak mengetahui dengan benar bagaimana cara pengendalian yang tepat terhadap tanaman yang tersebut, yang masyarakat tahu pengendalian yang cepat dan instan seperti penggunaan pestisida yang terkadang penggunaanya secara berlebihan. mereka tidak tahu kalau pengendalian yang mereka gunakan itu sangat berbahaya baik bagi kesehatan kita maupun lingkungan sekitar. orang kita hanya tahu dengan pengendalian-pengendalian yang praktis maka nya mereka lebih cendrung menganggap pestisida sebagai obat yang dengan mudah menyembuhkan tanaman mereka yang terserang penyakit. dengan adanya klinik tanaman diharapkan masyarakat tiidak malu-malu untuk berkonsultasi terhadap klinik tanaman yang telah beroprasi agar masyarakat dengan mudah mengatasinya.
Dalam mendiagnosis tanaman bukan perkara mudah melakukannya, karena banyak penyakit yang tidak semudah dengan kasap mata melihatnya dan mendignosisnya. butuh waktu lama untuk mendiagnosis nya dan memberi penanggulangannya, butuh waktu bisa lebih dari 1 minggu untuk mendiagnosisnya. butuh suatu keahlian dalam mendiagnosisnya, misalnya yang ahli dengan menggunakan mikroskop. 
Jika masyarakat ingin mengobatkan tanaman mereka yang sakit persyaratan yang diberikan tidak begitu banyak dan tidak menyusahkan karena masyarakat cukup mengisi formulir dan mengirimkan spesimen tanaman sakit ke petugas klinik tanaman dengan baik dan benar sesuai intruksi yang diberikan petugas klinik tanaman. Sampel yang telah diterima petugas klinik tanaman akan di isolasi dan dicari informasi mengenai penyakit tersebut dilapangan untuk memudahkan indentifikasi. Kemudian petugas klinik tanaman akan mereisolasi dan mengidentifikasi atau mendiagnosis sample penyakit tanaman yang dibawa. Setelah petugas berhasil mendiagnosis sample penyakit tanaman tersebut petugas akan melakukan pemurnian sample penyakit, kemudian petugas klinik tanaman akan memberitahukan hasil diagnosis kepada klien tersebut. Apabila informasi yang diadapat mengenai penyakit tersebut cukup petugas akan merekomendasikan tentang cara atau teknik pengendalian yang akan dilakukan dan cara pelaksanaannya dengan cara mendiskusikannya dengan klien yang bersangkutan barulah pengendalian dilakukan dengan persetujuan kedua pihak antara petugas klinik dan juga masyarakat.

KLINIK TANAMAN PEDULI PERTANIAN ORGANIK

”Back to Nature” tren baru tersebut telah bermunculan dimana masyarakat menginginkan sesuatu makanan yang benar-benar serba alami, kurang dan bebas dari zat kimia. Produk organik dianggap memenuhi persyaratan tersebut sehingga permintaan dan peluang pemasarannya meningkat. Permintaan dunia akan pangan organik meningkat tajam dan demam pangan organik melanda dunia bukan saja di bidang pangan, tetapi juga meluas ke bidang nonpangan. Di berbagai pasar swalayan telah banyak dipajang dan dijual produk organic, yang sebagian besar masih terbatas pada produk buah-buahan dan sayuran. Sayuran dan buah-buahan yang bermerek organic harganya bias 3 – 4 kali lebih mahal disbanding produk pangan non-organik. Klinik tanaman dengan produk-produk agens hayati sangat mendukung pentingnya produk organik karena agens hayati tersebut sama sekali tidak menimbulkan residu pestisida pada produk pertanian sehingga aman dan sehat untuk dikonsumsi, selain itu sudah terbukti mampu mengendalikan berbagai jenis organisme pengganggu tumbuhan (OPT).

mendiagnosis penyakit tanaman (Park2)

Pada saat kita akan mendiagnosis penyakit pada tanaman pada awalnya kita harus mengetahui penyebab penyakit tersebut apa, apakah disebabkan oleh penyakit seperti bakteri ataukah disebabkan oleh lingkungan yang tidak mendukung pertumbuhan tanaman, penyakit yang menyerang bisa dari golongan bakteri. Jika tanaman tersebut diserang oleh bakteri kita bisa melihatnya dengan kasap mata/mata telanjang. Gejalanya seperti berlendir pada bagian yang terserang. Bila perlu untuk memudahkan kita dalam mndiagnosis kita bisa menggunakan buku-buku yang telah dipercaya memuat tentang penyakit-penyakit pada tanaman tersebut. Bila pengujian sulit dilakukan kita harus dengan teliti mendiagnosis nya agar hasil yang kita dapat benar-benar akurat dan pengendalian yang tepat bisa segera kita lakukan. Tidak dibutuhkan waktu yang lama untuk mendiagnosis tanaman sakit tersebut jika petugas yang menanganinya berpengalaman sehingga keakuratan yang mungkin dihasilkan bisa didapatkan. Hal ini dapat dicapai melalui prosedur isolasi dan seleksi bakteri, jika perlu dilakukan konfirmasi pengujian pada tanaman inang yang sesuai..

mengidentifikasi suatu penyakit tanaman melalui gejala dan tanda, pengertian diagnosis secara umum adalah kepastian suatu penyakit berdasarkan gejala yang tampak, sedangkan diagnosis penyakit tumbuhan. Bisa juga dikatakan sebagai berikut suatu proses untuk penyakit yang khas termasuk faktor-faktor lain yang berhubungan dengan proses penyakit tersebut Diagnosis penyakit yang benar diperlukan untuk merekomendasikan cara pengendalian yang tepat dan juga diperlukan dalam suatu survei penyakit tanaman. Dalam hal ini diagnosis dilakukan untuk mengidentifikasi bakteri, organisme antagonis dan produk metabolitnya. Diagnosis penyakit tanaman berdasarkan gejala saja belum dapat diandalkan kebenarannya karena tidak memadai atau tidak cukup untuk mengidentifikasi suatu penyakit disebabkan banyak organisme
bakteri yang berbeda memperlihatkan gejala yang sama pada inang yang diinfeksinya. Adanya suatu tanda penyakit membantu meyakinkan kebenaran, menambah kepastian suatu diagnosa, tetapi perlu juga diperhatikan kemungkinan adanya bakteri sekunder atau saprofit yang turut serta menginfeksi bagian tanaman. Jadi mungkin saja organisme yang diperoleh dari tumbuhan bergejala penyakit bukan merupakan bakteri primer, tetapi bakteri sekunder/saprofit. Untuk mendiagnosis penyakit tumbuhan pertama kali perlu menentukan apakah penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri atau faktor lingkungannya. Dalam beberapa kasus apabila terdapat gejala penyakit atau terdapat tanda bakteri yang khas, maka cukup mudah bagi mereka yang telah berpengalaman untuk menentukan penyebabnya dengan membandingkan gejala yang ada dengan yang terdapat dalam berbagai buku pedoman, CD – compendium dan lain-lain. Akan tetapi pada banyak kasus pengujian yang lebih lengkap terhadap gejala dan mengamati tentang ciri-ciri lainnya sangat penting untuk mendapatkan hasil diagnosis yang tepat. Diagnosis penyakit tanaman dan identifikasi bakteri penyebabnya sering dilakukan berdasarkan gejala dan adanya eksudat bakteri di dalam jaringan tanaman yang terserang. Cara diagnosis tersebut tergolong cepat tetapi biasanya memerlukan pengalaman luas dibidang penyakit bakteri. Pada keadaan dengan pengalaman yang masih terbatas atau diagnosis penyakit karantina yang mempunyai nilai ekonomis yang tinggi maka diagnosis yang lebih akurat sangat diperlukan. Hal ini dapat dicapai melalui prosedur isolasi dan seleksi bakteri, jika perlu dilakukan konfirmasi pengujian pada tanaman inang yang sesuai.

Namun karena bakteri berukuran kecil dimana dengan mikroskop biasa sel-sel bakteri hanya terlihat seperti titik-titik kecil, maka identifikasi berdasarkan ciri morfologi sulit dilakukan. Oleh sebab itu identifikasi perlu dilakukan dengan hati-hati untuk menghindari kesalahan. Kesalahan dapat terjadi misalnya bakteri yang ditemukan sebenarnya bakteri non bakteri, yaitu bakteri yang tumbuh pada jaringan yang sebelumnya telah dirusak oleh penyebab lain. 

Tahap-tahap mendiagnosis penyakit tumbuhan yaitu Mula-mula kita amati gejala yaitu segala kelainan bentuk atau kelainan yang terjadi pada tanaman. Lalu pilih bagian tanaman sakit yang memperlihatkan gejala kerusakan (belum rusak atau busuk keseluruhan) atau terlalu awal. Gejala yang terlalu lanjut biasanya sudah ditumbuhi cendawan serta bakteri saprofit yang sering kali mengganggu pertumbuhan bakteri utamanaya. Gejala yang terlalu awal juga menyulitkan diagnosa karena sukar memperoleh tanda penyakit. Jika terdapat tanda penyakit hal tersebut yang sangat diperlukan untuk menunjang hasil diagnosis. Gejala yang sebelumnya belum pernah kita temui sebaiknya harus kita lakukan pengujian secara mendalam untuk membuktikan hipotesa bahwa bakteri yang diisolasi adalah penyebab penyakitnya melalui postulat Koch. Jika ditemukan gejala yang disertai tanda keberadaan bakteri penyebab penyakit dapat
dilakukan identifikasi lebih lanjut di laboratorium.

Identifikasi lanjutan untuk penentuan spesies, sub spesies, patovar dan sebagainya, dapat dilakukan berdasarkan karakter morfologi, fisiologi dan biokimia, molekuler dan sebagainya sesuai metode identifikasi yang dikemukakan pada berbagai manual atau buku pedoman lainnya.
Beberapa bakteri penyakit tanaman berada pada permukaan tanamanatau di dalam tanaman (sebagian besar bakteri). Keberadaan bakteri dipermukaan atau di dalam tanaman menunjukkan bahwa bakteribakteri tersebut merupakan penyebab utama penyakit. Pada beberapa kasus, seseorang dengan keahlian tertentu dapat melakukan deteksi dan identifikasi langsung secara visual atau dengan bantuan kaca pembesar. Seringkali identifikasi hanya dapat dilakukan dengan bantuan mikroskop. Tidak semua bakteri tampak pada permukaan tanaman sakit, beberapa lain tampak hanya dari gejala yang ditimbulkan, khususnya untuk bakteri yang berada di dalam tanaman.Sebagian besar bakteri berada pada jaringan yang terinfeksi, antara lain pada jaringan vascular, jaringan bawah tanaman, dan atau di dalam perakaran. Pada saat bakteri berada pada jaringan tanaman sakit, ada dua kemungkinan yang terjadi yaitu : 

(1) Bakteri tersebut adalah patogen
penyebab utama penyakit pada tanaman tersebut.

(2) Bakteri tersebut merupakan salah satu bakteri saprofitik atau bakteri yang dapat tumbuh pada jaringan yang telah mati.

Diagnosis penyakit bakteri dan identifikasi bakteri penyebab didasarkan pada gejala awal penyakit yang tampak pada tanaman terinfeksi, jumlah populasi bakteri pada area terinfeksi, dan ketidakberadaan patogen penyebab lainnya. Bakteri adalah mikroorganisme berukuran kecil namun dapat terlihat dengan mikroskop kompon seperti bentuk batang-batang kecil. Identifikasi bakteri sulit dilakukan jika hanya berdasarkan karekter morfologisnya. Isolasi bakteri pada media agar memerlukan kehati-hatian yang tinggi sehingga terhindar dari kontaminasi bakteri saprofit. Saat ini, telah dikembangkan beberapa media selektif yang sesuai untuk hampir semua bakteri patogen tanaman. Media ini tentu tidak sesuai untuk bakteri saprofit, sehingga dapat dipastikan bahwa pada media selektif bebas dari pertumbuhan bakteri saprofit. Hal ini akan memudahkan proses identifikasi hingga tingkat genus dan spesies. Pada kondisi lampau, cara termudah dan terpercaya untuk membuktikan bahwa bakteri tersebut adalah patogen penyebab adalah melalui isolasi koloni tunggal dan menumbuhkan bakteri pada media, untuk selanjutnya diinokulasi kembali pada tanaman inang yang peka. Gejala yang dihasilkan dari inokulasi tersebut dibandingkan dengan gejala yang disebabkan oleh spesies bakteri yang telah diketahui sebelumnya. Perkembangan metode identifikasi patogen tanaman saat ini telah mengalami perubahan sejak akhir abad ke-20. Tahun 1970, teknik immunodiagnostic, termasuk teknik agglutinasi dan presipitasi, pewarnaan flouresen dengan antibody, teknik ELISA, mulai digunakan untuk deteksi dan identifikasi bakteri patogen tanaman. Beberapa teknik tersebut lebih sensitiF, lebih spesifik, cepat, dan mudah, dan merupakan metode yang telah distandardisasi. Hingga kini secara komersial telah tersedia antisera sebagai bahan identifikasi bakteri patogen tanaman. Sejak tahun 1980, teknik yang lebih baru telah dikembangkan berdasarkan penggunaan asam lemak oleh bakteri yang ada pada makanan (Biolog). Identifikasi lain yang juga berkembang adalah berdasarkan asam nukleat, dengan membandingkan jumlah DNA yang dihasilkan oleh enzim restriksi tertentu, atau derajat (persentasi) DNA yang terhibridisasi dari bakteri yang belum diketahui dengan DNA dari bakteri yang telah diketahui. Beberapa teknik molekuler tersebut saat ini digunakan untuk identifikasi bakteri patogen yang vastidious pada vascular.

Identifikasi penyakit tanaman

Ketika patogen dijumpai pada tanaman sakit, patogen tersebut diidentifikasi berdasarkan referensi hingga manual khusus identifikasi. Namun dalam beberapa hal, patogen diketahui sebagai penyebab penyakit tetapi tidak ada laporan terbaru yang mendukungnya, maka tahap selanjutnya adalah pembuktian penyebab penyakit melalui Postulat Koch. Postulat ini dilakukan untuk memverifikasi atas hipotesis bahwa isolat patogen yang diuji adalah isolat penyebab penyakit tanaman. Dalam hal ini harus dilakukan serangkaian pengujian untuk membuktikannya dengan menggunakan dasar-dasar yang dikemukakan oleh Robert Koch, seorang ahli bakteriologi bangsa Jerman. Cara pembuktian ini lazim disebut postulat Koch atau kaidah Koch. Postulat Koch telah diterima secara universal.

1. Screening test : ada tidaknya bakteri : IF test , PCR, mikroskop
(400-10.000 x perbesaran).
2. Isolasi pada media selektif : dengan melihat tipe koloni dibuat
biakan murni yang selanjutnya analisa asam lemak, uji biokimia,
dan molekular.
3. Uji Patogenisitas : inokulasi pada tanaman tomat.
4. Reisolasi (isolasi kembali) dan identifikasi bakteri : tipe koloni
pada biakan murni harus sama dengan isolat yang
diinokulasikan pada tanaman sehat selanjutnya diidentifikasi
dengan uji IF, PCR, Uji BIOLOG.

Langkah-langkah pengujian Postulat Koch adalah sebagai berikut :
a. Organisme (bakteri) harus ditemukan berasosiasi dengan gejala penyakit yang ada (bagian tanaman yang sakit diuji).
b. Organisme harus dapat diisolasi dari jaringan yang sakit dan dapat dibuat biakan murni.
c. Organisme dari biakan murni harus dapat diinokulasikan pada tanaman inang yang sehat dan menghasilkan gejala penyakit yang sama dengan gejala pada tanaman sebelumnya.
d. Organisme harus dapat diisolasi kembali (reisolasi) dari tanaman yang di inokulasi dan hasilnya harus sama dengan organisme yang dipakai untuk inokulasi. Jika semua langkah diatas telah diikuti dan dibuktikan kebenarannya maka organisme yang di reisolasi dapat diidentifikasi sebagai organisme yang bertanggung jawab terhadap penyakit. Identifikasi lanjutan untuk penentuan spesies, sub spesies, patovar dan sebagainya, dapat dilakukan berdasarkan karakter morfologi, fisiologi dan biokimia, molekuler dan sebagainya sesuai metode identifikasi yang dikemukakan pada berbagai manual atau buku pedoman lainnya.