DIAGNOSIS CENDAWAN PENYEBAB PENYAKIT TANAMAN

Jamur (fungi) merupakan suatu bagain dari Thallophyta, yang karakteristiknya berhubungan dengan tidak adanya klorofil sama sekali, sehingga tak bisa untuk melakukan asimilasi. Bagian tubuhnya yang bersifat vegetatif terdiri atas benang-benang yang halus dan dinamakan hifa. Hifa-hifa ini merupakan miselium dimana ada yang berserabut ada yang tidak. Lebih dari 8000 spesies jamur dapat menyebabkan penyakit pada tunbuhan. Semua tumbuhan diserang oleh beberapa jenis jamur, dan setiap jenis jamur parasit dapat menyerang satu atau banyak jenis tumbuhan. Beberapa jenis jamur dapat tumbuh dan memperbanyak diri hanya apabila tetap berhubungan dengan tumbuhan inangnya selama hidupnya, jamur yang demkian dikenal dengan parasit obligat atau biotrof. Jenis lain membutuhkan tumbuhan inang untuk sebagian daur hidupnya tetapi tetap dapat menyelesaikan daurnya pada bahan organik mati maupun pada tumbuhan hidup, jamur yang demikian disebut parasit non-obligat.

Karakteristik Jamur Patogenik Tumbuhan

Sebagian besar jamur mempunyai tubuh vegetatif seperti tumbuhan yang lebih kurang terdiri dari filamen (benang) memanjang, bersambungan, bercabang, mikroskopis, mempunyai dinding sel yang jelas. Tubuh jamur disebut miselium, dan cabang-cabang tunggal atau filamen dari miselium disebut hifa, umumnya tebal hifa atau miselium seragam. Beberapa jamur hifanya hanya 0,5 μm, sedangkan jamur yang lain tebalnya dapat lebih dari 100μm. Panjang miselium pada beberapa jenis jamur mungkin hanya beberapa mikrometer, tetapi ada jenis lain yang dapat menghasilkan benang miselium sepanjang beberapa meter. Pada beberapa jamur, miselium terdiri atas banyak sel yang mengandung satu atau dua inti per sel (celluler). Miselium yang lain bbersifat saenositik (caenocytic) yaitu mengandung banyak inti dan keseluruhan miselium berupa satu sel multi inti yang bersambungan, tubular (seperti pipa). Beberapa jamur yang lebih rendah tidak mempunyai miselium yang sesungguhnya dan menghasilkan plasmodium yang telanjang, amoeboid, berinti banyak atau sistem helaian yang sangat tidak seragam dengan diameter sangat bergam yang disebut rizomiselium.

Ekologi dan Penyebaran Cendawan
Hampir semua jamur patogen tumbuhan menghabiskan sebagian hidupnya pada tumbuhan inangnya dan sebagian di dalam tanah atau sisa tumbuhan di dalam tanah. Beberapa jamur melewati seluruh hidupnya pada inangnya, dan mungkin hanya spora yang mendarat di tanah, tetapi spora tersebut tidak aktif sampai terbawa kembali ke inang tempat mereka dapat tumbuh dan memperbanyak diri.Untuk menyelesaikan daur hidupnya di alam, jenis jamur lain harus melewati sebagian hidupnya pada inang sebagai parasit dan sebagian pada jaringan yang telah mati di tanah sebagai saprofit. Akan tetapi kelompok jamur yang terakhir ini tetap secara terus-menerus berhubungan dengan jaringan inangnya, baik jaringan hidup atau yang mati, dan secara alami tidak tumbuh pada jenis bahan organik lain. Jamur kelompok ketiga tumbuh secara parasit pada inangnya, tetapi jamur tersebut dapat terus hidup, tumbuh dan memperbanyak diri pada jaringan inang setelah jaringan tersebut mati dan selanjutnya mungkin pindah dari sisa-sisa inang tersebut ke tanah atau bahan tumbuhan lain yang melapuk dimana mereka dapat tumbuh dan memperbanyak diri sebagai saprofit biasa.

Penyebaran sebagian besar jamur patogenik tumbuhan dari suatu tumbuhan yang sama bergantung pada kesempatan penyebaran oleh agensia-agensia seperti angin, air, burung, serangga, hewan lain serta manusia. Jamur terutama disebarkan dalam bentuk spora, penyebaran spora pada hampir semua jamur berlangsung secara pasif, walaupun awal pelepasannya pada beberapa jenis jamur dibantu oleh tekanan. Jauhnya spora tersebar bervariasi yang tergantung pada agensia penyebarannya. Angin mungkin agensia penyebaran spora yang paling penting dari sebagian besar jenis jamur, serta angin dapat membawa spora dengan jarak yang jauh. Untuk jamur tertentu, agensia lain seperti air atau serangga mungkin memainkan peranan penting yang jauh lebih penting dibanding dengan angin dalam penyebaran sporanya.

Identifikasi Cendawan Penyebab Penyakit
Karena setiap jenis tumbuahn yang disebabkan jamur biasanya hanya disebabkan oleh satu jenis jamur, dan karena ada lebih dari 100.000 spesies yang berbeda, maka identifikasi jamur pada spesimen tumbuhan sakit atau dari biakan jamur dari semua jenis jamur yang ada harus dengan jalan memisahkan salah satu diantaranya sebagai spesies jamur yang dicurigai. Sifat-sifat jamur yang sangat penting yang digunakan untuk identifikasi adalah spora dan fruktifikasi (tubuh buah) atau struktur yang menghasilkan spora dan beberapa sifat tubuh jamur (plasmodium atau miselium). Bentuk, ukuran, warna dan pola susunan spora pada sporofor atau tubuh buah dan juga bentuk dan warna sporofor atau badan buah merupakan sifat-sifat yang telah mencukupi untuk diamati bagi seseorang yang telah cukup berpengalaman dalam taksonomi jamur untuk menentukan nama kelas, ordo, famili, dan genus jamur tersebut harus dimasukkan. Pada kasus yang lain, sifat-sifat tersebut dapat digunakan untuk menjajaki jamur tersebut melalui kunci analisis jamur yang telah dipublikasikan untuk menentukan genus, dan akhirnya termasuk spesies jamur tersebut.

Gejala yang Disebabkan Jamur pada Tumbuhan Jamur menyebabkan gejala lokal atau gejala sistemik pada inangnya, dan gejala tersebut mungkin terjadi secara terpisah pada inang-inang yang berbeda, secara bersamaan pada inang yang sama atau yang satu mengikuti yang lain pada inang yang sama. Umumnya jamur menyebabkan nekrosis lokal atau nekrosis umum atau membunuh jaringan tumbuhan, hipotropfi, dan hipoplasia (kerdil) organ-organ tumbuhan atau keseluruhan tumbuhan, dan hiperplasia (pertumbuhan kerdil) bagian-bagain atau keseluruhan tumbuhan.

a. Gejala nekrosis yang sangat umum adalah sebagai berikut :
- Bercak daun (leaf spot) yaitu : luka atau noda yang bersifat lokal pada daun inang yang terdiri atas sel-sel yang mati dan kalopsi.

- Hawar (Blight) yaitu : organ daun, cabang, ranting dan bunga menjadi coklat
dengan sangat cepat dan menyeluruh yang menyebabkan kematian.
- Kanker yaitu : luka nekrosis atau luka yang terlokalisasi, sering mencekung pada permukaan batang jaringan tumbuhan berkayu.
- Mati ujung (dieback) yaitu : nekrosis ranting secara ekstensif yang berawal dari ujung dan berkembang menuju pangkalnya.
- Busuk akar yaitu : hancur dan membusuknya sebagain atau seluruh sistem parakaran tumbuhan.
- Rebah kecambah atau patah rebah (damping off) yaitu : kalopsi dan mati dengan cepat kecambah yang nasih sangat muda pada pembibitan di lapangan.
- Busuk batang bawah yaitu : hancurnya batang bagian bawah.
- Busuk basah dan busuk kering yaitu : terjadinya maserasi (pembusukan) dan hancurnya buah, akar, umbi, umbi lapis dan daun yang berdaging.
- Antraknosa yaitu : luka nekrosis yang lekuk seperti mangkuk pada batang, daun, buah atau bunga tumbuhan inang.
- Kudis yaitu : luka yang teralokasi pada buah, daun dan umbi dan lain-lain, biasanya sedikit menonjol dan puncaknya mencekung dan pecah, yang memberi bentuk seperti kudis.
- Decline yaitu : tumbuhan yang tumbuh lurus, daun mengecil, kaku, menguning atau merah, ada yang terdefolasi (menggugurkan daun) dan mati ujung (dieback).

Hampir semua gejala di atas mungkin dapat menyebabkan tumbuhan yang terinfeksi menjadi sangat kerdil. Di samping itu, gejala yang lain seperti karat daun, embun (mildew), layu dan bahkan penyakit tertentu menyebabkan hiperplasia pada beberapa organ tumbuhan, seperti akar pekuk (clubroot) mungkin menyebabkan kekerdilan tumbuhan secara menyeluruh.

b. Gejala-gejala yang berhubungan dengan hipertopi atai hiperplasia dan perubahan bentuk atau pemutaran (distorsi) bagian tumbuhan meliputi :
- Akar pekuk yaitu : akar membesar terlihat seperti kumparan atau gada.
- Bengkak atau puru yaitu : bagian tumbuhan membesar dan biasanya dipenuhi oleh miselium jamur.
- Kutil yaitu : tonjolan seperti kutil pada umbi dan batang.
- Witches-broom (sapu setan) yaitu : cabang-cabang ranting yang mengarah ke atas dengan sangat banyak.
- Keriting daun yaitu : daun berubah bentuk, menebal dan keriting.
- Layu yaitu : gejala sekunder yang menyeluruh dimana daun atau tunas kehilangan turgor dan merunduk karena terganggunya sistem vaskular akar dan batang.
- Karat yaitu : terdapat banyak luka-luka kecil pada daun atau batang, biasanya berwarna seperti karat.
- Mildew (embun) yaitu : bagian daun, batang dan buah yang klorosis atau nekrosis, biasanya ditutupi oleh miselium dan fruktifikasi jamur.
 

Parasit-parasit tanaman terutama jamur, menghasilkan bermacam-macam senyawa kinia yang dapat menghasilkan gejala pebnyakit-penyakit tanaman meskipun tidak ada organisme penyebab penyakit. Salah satu contohnya adalah asam fusarat yang dihasilkan oleh Fusarium spp. Asam fusarat atau asam 5- nbutilpiridin-2-karboksilat merupakan racun yang larut dalam air yang sekaligus juga merupakan antibiotik. Toksin ini mengganggu permeabilitas membran dan akhirnya mempengaruhi ekonomi air tanaman. Adanya hambatan pergerakan air dalam tubuh tanaman menyebabkan terjadinya layu patologis yang tidak bisa balik yang berakibat kematian tanaman seperti kasus-kasus penyakit layu pada kapas dan tomat yang disebabkan oleh Fusarium spp. Salah satu penyakit yang disebabkan oleh jamur busuk daun yang disebabkan oleh Phytophthora infestans (Mont) busuk daun kentang (lite blight) yang sering juga disebut sebagai hawar daun adalah penyakit yang terpenting pada tanaman kentang. Adapun gejala dari penyakit ini adalah daun-daun yang sakit mempunyai bercakbercak nekrotis pada tepi dan ujungnya. Kalau suhu tidak terlalu rendah dan kelembaban cukup tinggi, bercak-bercak tadi akan meluas dengan cepat dan mematikan daun. Bahkan kalau cuaca seperti ini berlangsung lama, seluruh tanaman di atas tanah akan mati. Dalam cuaca yang kering jumlah bercak terbatas, segera mengering dan tidak meluas. Umumnya gejala baru tampak bila tanaman berumur lebih dari satu bulan. Dalam cuaca yang lembab pada sisi bawah bagian daun yang sakit terdapat lapisan kelabu tipis yang terdiri dari konidiofor dan konidium jamur.
 

Daur penyakit ini adalah dapat berlangsung dari musim ke musim dalam umbi-umbi yang sakit. Kalau umbi yang sakit ditanam, jamur dapat naik ke tunas muda yang baru saja tumbuh dan membentuk banyak konidium atau sporangium. Jamur juga dapat mempertahankan diri pada tanaman-tanaman lain seperti pada tomat. Tetapi sudah diketahui bahwa Phytophthora infestans dari kentang dan tomat agak berbeda virulensinya.

Faktor-faktor yang mempengaruhi penyakit adalah pada perkecambahan konidium Phytophthora infestans sangat dipengaruhi oleh kelembaban dan suhu. Pada udara kering konidium sudah mati dalam waktu 1 – 2 jam, sedang pada kelembaban 50 – 80% dalam waktu 3 – 6 jam. Pada suhu 10 – 25 OC kalau ada air, konidium membentuk spora kembara dalam waktu ½ - 2 jam, dan spora kembara ini akan menbentuk pembuluh kecambah dalam waktu 2 – 2½ jam. Perkembangan bercak pada daun paling cepat terjadi pada suhu 18 – 20 derajat celcius. Pada suhu 30 derajat celcius perkembangan bercak akan terhambat. Oleh karena itu pada kentang dataran rendah (kurang dari 500 m dari permukaan laut) Phytophthora infestans tidak merupakan masalah.

DIAGNOSIS BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT TANAMAN

DIAGNOSIS BAKTERI PENYEBAB PENYAKIT TANAMAN

Diagnosis secara umum adalah kepastian suatu penyakit berdasarkan gejala yang tampak, atau  suatu proses untuk mengidentifikasi suatu penyakit tanaman melalui gejala dan tanda penyakit yang khas termasuk faktor-faktor lain yang berhubungan dengan proses penyakit. Diagnosis penyakit yang benar diperlukan untuk merekomendasikan cara pengendalian yang tepat dan juga diperlukan dalam suatu survei penyakit tanaman. Dalam hal ini diagnosis dilakukan untuk mengidentifikasi bakteri, cendawan, virus ataupun  organisme antagonis dan produk metabolitnya. Diagnosis penyakit tanaman berdasarkan gejala saja belum memadai atau tidak cukup.  Hal ini karena untuk  mengidentifikasi suatu penyakit disebabkan banyak organisme  yang berbeda dapat menunjukkan  gejala yang sama pada inang yang diinfeksinya.  Dalam hal ini perlu diperhatikan kemungkinan kemungkinan adanya organisme  sekunder atau saprofit yang turut serta menginfeksi bagian tanaman.

Untuk mendiagnosis penyakit tumbuhan pertama kali perlu ditentukan  apakah penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri,jamur, virus atau lainnya atau faktor lingkungannya. Dalam beberapa kasus apabila terdapat gejala penyakit atau terdapat tanda i yang khas, maka cukup mudah bagi mereka yang telah berpengalaman untuk menentukan penyebabnya dengan membandingkan gejala yang ada dengan yang terdapat dalam berbagai buku pedoman, CD – compendium dan lainlain.  Akan tetapi pada banyak kasus pengujian yang lebih lengkap terhadap gejala dan mengamati tentang ciri-ciri lainnya sangat penting untuk mendapatkan hasil diagnosis yang tepat.

Diagnosis penyakit tanaman dan identifikasi  penyebab penyakit pada tanaman yang mempunyai nilai ekonomis yang tinggi maka diagnosis yang lebih akurat sangat diperlukan. Hal ini dapat dicapai melalui prosedur isolasi dan seleksi patogen dan jika perlu dilakukan konfirmasi pengujian pada tanaman inang yang sesuai.

Tahapan dalam diagnosis penyakit tanaman, antar lain adalah adalah :
a. Amati gejala yaitu segala kelainan bentuk atau kelainan sifat tanaman.
b. Pilih bagian tanaman sakit yang memperlihatkan gejala yang belum lanjut (belum  rusak atau busuk keseluruhan) atau terlalu awal. Gejala yang terlalu lanjut  biasanya sudah ditumbuhi cendawan serta bakteri saprofit yang sering kali mengganggu pertumbuhan. Gejala yang terlalu awal juga menyulitkan diagnosa
karena  sukar memperoleh tanda penyakit.
c. Bersamaan dengan melihat gejala ini perlu pula dilihat tanda penyakit untuk memperkuat hasil pemeriksaan gejala.
d. Gejala dan tanda penyakit yang belum dikenal atau diragukan identifikasinya yang nampaknya penyebab penyakit tersebut belum pernah dilaporkan sebelumnya  (penyakit baru) maka harus dilakukan serangkaian pengujian untuk membuktikan  hipotesa bahwa mikrorganisme yang diisolasi adalah penyebab penyakitnya melalui postulat Koch.
e. Gejala yang disertai tanda keberadaan penyebab penyakit dapat dilakukan  identifikasi lebih lanjut di laboratorium.

Identifikasi Bakteri Penyebab Penyakit
Beberapa bakteri penyakit tanaman berada pada permukaan tanaman atau di dalam tanaman (sebagian besar bakteri). Keberadaan bakteri dipermukaan atau di dalam tanaman menunjukkan bahwa bakteri bakteri tersebut merupakan penyebab utama penyakit. Pada beberapa kasus, seseorang dengan keahlian tertentu dapat melakukan deteksi dan identifikasi langsung secara visual atau dengan bantuan kaca pembesar. Seringkali identifikasi hanya dapat dilakukan dengan bantuan mikroskop. Tidak semua bakteri tampak pada permukaan tanaman sakit, beberapa lain tampak hanya dari gejala yang ditimbulkan, khususnya untuk bakteri yang berada di dalam tanaman. Sebagian besar bakteri berada pada jaringan yang terinfeksi, antara lain pada jaringan vascular, jaringan bawah tanaman, dan atau didalam perakaran. Pada saat bakteri berada pada jaringan tanaman sakit, ada dua kemungkinan yang terjadi yaitu : (1) Bakteri tersebut adalah patogen penyebab utama penyakit pada tanaman tersebut, atau (2) Bakteri tersebut merupakan salah satu bakteri saprofitik atau bakteri yang dapat tumbuh pada jaringan yang telah mati.

Diagnosis penyakit bakteri dan identifikasi bakteri penyebab enyakit didasarkan pada gejala awal penyakit yang tampak pada tanaman terinfeksi, jumlah populasi bakteri pada area terinfeksi, dan ketidakberadaan patogen penyebab lainnya. Bakteri adalah mikroorganisme berukuran kecil namun dapat terlihat dengan mikroskop kompon seperti bentuk batang-batang kecil. Identifikasi bakteri sulit dilakukan jika hanya berdasarkan karekter morfologisnya.

Isolasi bakteri pada media agar memerlukan kehati-hatian yang tinggi sehingga terhindar dari kontaminasi bakteri saprofit. Saat ini, telah dikembangkan beberapa media selektif yang sesuai untuk hampir semua bakteri patogen tanaman. Media ini tentu tidak sesuai untuk bakteri saprofit, sehingga dapat dipastikan bahwa pada media selektif bebas dari pertumbuhan bakteri saprofit. Hal ini akan memudahkan proses identifikasi hingga tingkat genus dan spesies. Cara termudah dan terpercaya untuk membuktikan bahwa bakteri tersebut adalah patogen penyebab adalah melalui isolasi koloni tunggal dan menumbuhkan bakteri pada media, untuk selanjutnya diinokulasi kembali pada tanaman inang yang peka. Gejala yang dihasilkan dari inokulasi tersebut dibandingkan dengan gejala yang disebabkan oleh spesies bakteri yang telah diketahui sebelumnya.

Perkembangan metode identifikasi patogen tanaman saat ini telah mengalami perubahan sejak akhir abad ke-20. Tahun 1970, teknik immunodiagnostic, termasuk teknik agglutinasi dan presipitasi,pewarnaan flouresen dengan antibody, teknik ELISA, mulai digunakan untuk deteksi dan identifikasi bakteri patogen tanaman. Beberapa teknik tersebut lebih sensitiF, lebih spesifik, cepat, dan mudah, dan merupakan metode yang telah distandardisasi. Hingga kini secara komersial telah tersedia antisera sebagai bahan identifikasi bakteri patogen tanaman. Identifikasi lain yang juga berkembang adalah berdasarkan asam nukleat, dengan membandingkan jumlah DNA yang dihasilkan oleh enzim restriksi tertentu, atau derajat (persentasi) DNA yang terhibridisasi dari bakteri yang belum diketahui dengan DNA dari bakteri yang telah diketahui. Beberapa teknik molekuler tersebut saat ini digunakan untuk identifikasi bakteri patogen yang vastidious pada
vascular.

diagnosis virus

Virus adalah partikel infeksi submicroscopic (virion) terdiri dari mantel protein dan inti asam nukleat. Virus membawa informasi genetik yang dikodekan dalam asam nukleat mereka, yang dicirikan dengan dua atau lebih protein. Kebanyakan virus terbatas untuk jenis inang tertentu. Beberapa menginfeksi bakteri, dan dikenal sebagai bakteriofag, sedangkan yang lain diketahui menginfeksi ganggang, protozoa, jamur (mycoviruses), invertebrata, vertebrata atau tumbuhan vaskular. Namun, beberapa virus yang menular antar tanaman inang melalui serangga (vektor) dan dapat mereplikasi dalam kedua inang dan vektornya.

Teknik yang banyak dan lazim dipakai saat ini adalah teknik PCR. Teknik ini sederhana, praktis dan cepat. Yang penting dalam teknik PCR adalah disain primer untuk amplifikasi DNA, yang memerlukan data sekuen dari genomagent yang bersangkutan dan software seperti yang telah diuraikan di atas. Disinilah Bioinformatika memainkan peranannya. Untukagent yang mempunyai genom RNA, harus dilakukan reverse transcription (proses sintesa DNA dari RNA) terlebih dahulu dengan menggunakan enzim reverse transcriptase. Setelah DNA diperoleh baru dilakukan PCR. Reverse transcription dan PCR ini bisa dilakukan sekaligus dan biasanya dinamakan RT-PCR. Teknik PCR ini bersifat kualitatif, oleh sebab itu sejak beberapa tahun yang lalu dikembangkan teknik lain, yaitu Real Time PCR yang bersifat kuantitatif. Dari hasil Real Time PCR ini bisa ditentukan kuantitas suatuagent di dalam tubuh seseorang, sehingga bisa dievaluasi tingkat emergensinya. Pada Real Time PCR ini selain primer diperlukanprobe yang harus didisain sesuai dengan sekuenagent yang bersangkutan. Di sini juga diperlukan software atau program Bioinformatika.

Translasi genom (untuk memproduksi protein) atau transkripsi dan replikasi (untuk menghasilkan asam nukleat) berlangsung di dalam sel inang dan menggunakan beberapa dari “mesin” biokimia inangnya. Virus tidak menangkap atau menyimpan energi bebas dan tidak dapat aktif tanpa inangnya. Karena itu virus merupakan parasit (dan biasanya patogen) tetapi biasanya tidak dianggap sebagai mikroorganisme asli.

Virus menyebabkan banyak penyakit pada tanaman dan bertanggung jawab atas kerugian besar dalam produksi tanaman dan kualitas di semua bagian dunia. Tanaman yang terinfeksi dapat menunjukkan berbagai gejala tergantung pada penyakitnya, tetapi sering ada daun menguning (baik dari keseluruhan daun atau dalam pola garis-garis atau bercak), distorsi daun (misalnya daun keriting) dan / atau distorsi pertumbuhan lainnya (misalnya pengerdilan seluruh tanaman, kelainan pada pembentukan bunga atau buah). Infeksi tidak selalu menimbulkan gejala yang terlihat (seperti yang ditunjukkan oleh Carnation laten virus).

Virus-virus tanaman tidak dapat langsung dikendalikan dengan aplikasi kimia. Cara utama pengendalian (tergantung penyakitnya) meliputi:

• Kimia atau pengendalian biologis (organisme yang menularkan penyakit ini, seringnya berupa serangga): ini bisa sangat efektif dimana vektor sedang makan untuk beberapa waktu pada tanaman sebelum virus ditularkan tetapi jadi tidak berarti jika transmisi terjadi sangat cepat dan mungkin sudah terjadi sebelum vektor menyerah pada pestisida.

• Menanam varietas tanaman tahan virus: di beberapa tanaman dan untuk beberapa virus akan sangat efektif sebagai sumber pertahanan dimana pemulia tanaman telah menggunakannya selama bertahun-tahun. Namun, tidak ada perlawanan alamiah yang telah teridentifikasi untuk yang lainnya. Ketahanan transgenik telah cukup menjanjikan untuk banyak tanaman – kombinasi virus, setelah ditemukan bahwa penggabungan bagian dari genom virus ke dalam tanaman inang dapat memberikan tingkat perlawanan yang substansial. Sebagai contoh, penggunaan pendekatan ini di Hawaii untuk mengendalikan virus ringspot Pepaya telah diakui sehingga menyelamatkan industri pepaya lokal. Namun, teknologi ini kontroversial, terutama di Eropa, dan sejauh yang akan digunakan secara komersial saat ini tidak ada kepastian.

• Penggunaan bahan tanam bebas virus: dalam perbanyakan vegetatif tanaman (misalnya kentang, tanaman buah-buahan) dan di mana virus ditularkan melalui usaha benih utama dan dibuat melalui pembiakan, skema sertifikasi dll, untuk memastikan bahwa bahan tanam bebas virus .

• Pengecualian: pencegahan penyakit di daerah-daerah di mana belum terjadi. Ini adalah tujuan utama prosedur karantina tumbuhan di seluruh dunia serta skema lokal.

Kebanyakan virus tanaman karenanya ditularkan oleh organisme vektor yang memakan tanaman atau (dalam beberapa penyakit) melalui luka yang dibuat, misalnya, selama kegiatan budidaya tanaman (misalnya pemangkasan). Sejumlah kecil virus dapat ditularkan melalui serbuk sari ke biji (misalnya virus mosaik Barley stripe, genus Hordeivirus), sedangkan banyak yang menyebabkan akumulasi infeksi sistemik dalam tanaman yang diperbanyak secara vegetatif.